SMK Matang Jaya menggunakan sistem Merit-Dimerit dalam perlaksanaan disiplin dikalangan pelajar.

Dalam sistem ini, pelajar yang membuat kesalahan boleh dikenakan tindakan sewajarnya mengikut mata dimerit masing-masing, manakala pelajar yang mengumpul mata merit (diberi kerana nilai-nilai positif) boleh dipertimbangkan untuk mendapat sijil.

Bagi kesalahan jenayah berat seperti gaduh, buli, cabul, rogol dan sebagainya, pihak sekolah boleh menyerahkan kes kepada pihak berkuasa tempatan (Polis).

Pelajar & ibubapa diminta menyemak senarai dimerit/merit yang telah disertakan di dalam Diari Sekolah yang terkini.  Diari terkini boleh diperolehi di Koperasi Sekolah.